Oggetti litici e residui della lavorazione dell’ossidiana, la preziosa e tagliente pietra necessaria per realizzare punte di freccia ed utensili, testimoniano la presenza a Ponza di popolazioni preistoriche.
A partire dal XII sec. a.C., per la sua pozione privilegiata, rappresentò una tappa e un riparo per i viaggi verso le coste dell'isola d'Elba dei navigatori Fenici e Greci.
Nel 312 a.C. vi giunsero i Romani, che destinarono Ponza a luogo di confino, ma anche di villeggiatura.
La tradizione vuole che in epoca romana all’isola sia stato attribuito il nome di Ponza, in onore di Ponzio Pilato, ma Strabone, morto prima che Pilato diventasse governatore della Giudea, già la chiamava Pontia definendola isola dei Volsci.
Al periodo romano risalgono le colossali opere idrauliche, acquedotti e cisterne, e ingegneristiche, porti e gallerie, che ancora segnano il profilo dell’isola.
Nel medioevo fu un fiorente centro religioso e commerciale grazie all’opera dei monaci benedettini che eressero l’abbazia di Santa Maria.
Nel 537 vi morì papa Silverio, che oggi è il venerato patrono dell’isola.
Eletto papa nel 536 venne deposto perchè eretico. A suo danno furono costruite prove di tradimento dall’imperatrice Teodora.
L'11 marzo 537 Silverio fu arrestato e mandato in esilio in Oriente. Prima fu portato in Licia, poi a Napoli e da li a Palmarola, l’isolotto vicino Ponza.
Fu su quest'isola che il Papa morì a causa delle dure privazioni e del trattamento subito. Il giorno della sua morte sembra sia stato il 2 dicembre dello stesso anno. Secondo il Liber Pontificalis fu sepolto sull'isola il 20 giugno dell'anno successivo. Ed è proprio il 20 giugno che sull'isola si festeggia come Santro Patrone e protettore.
